Anfang des 13. Jahrhunderts legten Weltgeistliche des Klosters Ossegg auf einem Felsvorsprung den Hof Pfaffroda an. Zwischen 1352 und 1389 erwirbt Peter v. Schönberg die Herrschaft Sayda einschließlich Purschenstein und Pfaffroda als Lehen der Burggrafen von Meißen.
Sein Vater hieß vermutlich Heinrich, der Stammvater des im Mannesstamm ausgestorbenen Purschensteiner Hauptastes. Heinrich war der Bruder von Hanns, dem Stammvater des Schönberger Hauptastes. Er ist wohl der erste, der mit dem Freibergbau verbunden ist und damit eine lang andauernde und für die Familie wertvolle Tradition begründet.
Mit dem Tod des letzten Burggrafen bei Aussig (1426) rücken die Markgrafen von Meißen in die Stellung als Lehnsherren ein. Die Schönbergs bleiben Inhaber der Herrschaft Purschenstein. Wie viele andere Besitze der Familie v. Schönberg wird damit auch diese Herrschaft ein Lehen der Wettiner.
1480 reist Caspar v. Schönberg auf Frauenstein und Pfaffroda nach Rom und verpflichtet sich die durch eine Feuerbrunst zerstörte Kirche wieder aufzubauen. Er erhält daraufhin einen Ablassbrief von Papst Sixtus IV.
Caspar heiratet in 2. Ehe Barbara geb. v. Bünau und sie erbauen von 1575 bis 1578 das Schloss. Das Renaissanceportal mit dem Allianzwappen am Südwestgiebel des Schlosses blieb seit 1578 erhalten. Caspar war kurfürstlicher Kammerherr, Berghauptmann und Amtshauptmann. Während des Dreißigjährigen Krieges wurden Schloß Kirche und Ortschaft stark in Mitleidenschaft gezogen.
Caspar-Heinrich , der heute wohl noch bekannteste Besitzer von Pfaffroda gewährt den böhmischen Exulanten während des Dreißigjährigen Krieges in seiner Herrschaft Purschenstein eine neue Heimat. Doch die Folgen des Krieges sind auch für die Familie v. Schönberg verheerend. Von Caspar Heinrichs Sohn August erwirbt Kurfürstlich sächsische Oberberghauptmann Georg Friedrich v. Schönberg, a.d. Sachsenburger Hauptzweig, noch kurz vor seinem Tode, im Jahr 1650, Pfaffroda. Das Rittergut Pfaffroda wird wohl damals Allod, also freies Eigentum. Georg Friedrichs Sohn Caspar, auch sein Nachfolger im Amt des Oberberghauptmanns kauft auch noch Dörnthal.
1715 wird nach Auftrag des Kirchenpatron Caspar Dietrich von Schönberg in der Kirche von Pfaffroda eine Silbermannorgel eingebaut. Die Baukosten betrugen 600 Taler. Dazu erhielt Silbermann das Holz und Kost, Wohnung und Lager für sich und seine drei bis vier Gehilfen während der Aufbauzeit von ca. 15 Wochen.
Beim Durchzug der napoleonischen Truppen im August 1813 übernachtet König Murat von Neapel auf dem Schloss Pfaffroda.
Carl Alexander v. Schönberg (1857 -1928) hinterlässt Pfaffroda seinem Adoptivsohn Alfons Diener v. Schönberg, Sohn seiner Schwester Sara, dem ausgewiesenen Kenner der Schönberg`schen Geschichte im 20. Jahrhundert. Ihm verdanken wir eine Fülle von exzellenten Publikationen zur Geschichte der Familie v. Schönberg. Die Enteignung von Schloss Pfaffroda traf 1945 Hubertus Diener v. Schönberg .